1985年8月6日,南京林学院更名为南京林业大学。1986年2月14日,林业部批准成立森林工程系。4月5日,学校成立研究生处。7月,国家学位委员会批准南京林业大学新设3个学科博士学位授予权;新设3个学科硕士学位点。
2000年,学校由国家林业局举办划转为江苏省政府举办、国家林业局与江苏省政府共建。
2012年,学校入选江苏省卓越工程师(软件类)教育培养计划试点。
2013年,南京林业大学入选江苏省高校协同创新中心。
2017年6月,经江苏省人民政府批准,南京林业大学淮安校区成立。同年9月,学校入选国家“双一流”建设高校。
2022年2月,学校入选教育部公布的第二轮“双一流”建设高校及建设学科。同年,学校与江苏省南京市溧水区人民政府合作建设南京林业大学白马校区。